Revoltado com a descoberta que Toji era o piloto do Eva 03, Shinji jura nunca mais pilotar a Unidade 01. Mal ele havia deixado a central da NERV, o décimo quarto Anjo (Zeruel) começa o seu ataque. Asuka e Rei não conseguem detê-lo e ele invade a NERV. Vendo seus amigos em perigo e aconselhado por Kaji, Shinji volta atrás. Uma vez mais no Eva 01, uma incrível transformação acontece. Piloto e máquina se fundem e se transformam em uma fera, o Anjo acaba, literalmente, sendo devorado pela Unidade 01.