11 meses se passaram desde que a Aliança da Terra e a ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) entraram em guerra. No satélite de recursos Heliópolis da nação neutra Orb, na região L5, Kira Yamato, aluno de ensino técnico, vai ao laboratório e acaba se envolvendo em um plano de captura de Gundam das Forças da ZAFT.