Cem anos atrás, o Japão perdeu boa parte de sua área, submersas devido ao movimento de placas tectônicas. Para preservar o resto de seu território, cidades costeiras foram surgindo uma após a outra. Elas acabaram por se tornar cidades marinhas e, com a expansão das rotas marítimas, surgiu uma grande demanda por pessoal para proteger os mares. Esta é a história de duas amigas de infância, Misaki Akeno e China Moeka, que se matriculam num colégio marítimo em Yokosuka, junto com outras garotas que também sonham em se tornar Sereias Azuis!

A história se passa durante Junho de 1983, numa vila rural fictícia chamada Hinamizawa (雛見沢?). O personagem principal da série, Maebara Keiichi, se muda para Hinamizawa e se torna amigo de suas colegas de classe: Ryuugu Rena, Sonozaki Mion, Furude Rika, Houjou Satoko e posteriormente Sonozaki Shion. A tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi, que comemora e agradece ao deus local, Oyashiro-sama. Keiichi aprende que no dia dos festival, nos últimos quatro anos, uma pessoa é assassinada e outra desaparece e nunca mais é vista. Keiichi então começa a investigar os estranhos eventos envolvendo o festival Watanagashi e o deus Oyashiro-sama. Em cada um dos primeiros arcos da história, um dos amigos se torna paranoico e comete os crimes. Geralmente os crimes envolvem o assassinato de seus próprios amigos. A verdade dos fatos só é Reboot da série onde eventos estranhos começam a acontecer em uma pequena vila.

Narumi Takayuki é um aluno de terceiro ano do ensino médio, que não estuda muito para o vestibular. Entretanto, ele nem gasta seu tempo estudando e nem fazendo nada interessante. Seus amigos Taira Shinji e Hayase Mizuki são ambos muito ocupados estudando e nadando, então Takayuki se sente sozinho. Até que um dia, ele conhece uma garota...

Uma guerra é travada a cada 10 anos para obter o Santo Graal. São invocados sete espíritos heroicos que agem como servos durante essa batalha sagrada. Emiya Kiritsugu é um dos mestres envolvidos nessa guerra, ele deseja a paz mundial, mas seus métodos para consegui-la são frios e desvirtuados.

A história gira em torno de Saburou, um garoto colegial que viaja no tempo para era Sengoku no japão. Onde ele deve se tornar Nobunaga Oda, o senhor da guerra famoso que ajuda a unir o Japão.

Tsukune Aono, um garoto comum de 15 anos, não pôde entrar para o ensino médio devido às más notas na escola. Porém, seu pai, durante uma caminhada, vê um homem (por ele descrito como um sacerdote) deixar cair ao chão um documento. Ao pegá-lo, viu que se tratava de uma carta-convite ao portador para ingressar numa escola de ensino médio, a Youkai Gakuen (na versão em inglês, Youkai Academy). Sem dar ou pedir satisfações ao homem, leva o folheto para casa e o apresenta à esposa e ao filho como sendo a solução para o problema de Tsukune. Entretanto, a Youkai Gakuen é um internato para youkais (demônios), onde além dos conteúdos curriculares tradicionais os alunos são preparados para coexistir com os humanos e assim conseguirem sobreviver num mundo hoje dominado por estes últimos.

A história desenrola-se à volta de Koko Hekmatyar, uma jovem traficante de armas para a HCLI que vende armas ilegalmente por todo o mundo sempre acompanhada pelos seus guarda-costas. A sua última adição para a equipe é Jonah, um rapaz aparentemente sem emoções que é exímio em combate mas que detesta traficantes de armas. Jonah junta-se a Koko para descobrir o traficante de armas responsável pela morte dos seus pais.

A história gira em torno de meninas do ensino médio que descobrem o gosto por motocicletas. Sakura Hane é uma estudante do ensino médio que se parece um pouco como uma cabeça oca. No caminho do colegio, um dia, ela resolve subir uma colina com uma bicicleta, mas ela vê uma garota chamada Onsa Amano que está montando uma motocicleta. Sakura imediatamente se torna interessada em motocicletas, e ela e Onsa se juntam ao clube da motocicleta na escola. Então, Sakura prepara-se para conseguir sua licença.

Spin-off de Hidan no Aria. Akari Mamiya, uma estudante Butei Rank-E do primeiro ano em Tokyo Butei High School. Ela tem o objetivo de se tornar uma “Butei” e idolatra sua colega de classe e mundialmente famosa Aria H. Kanzaki, Butei Rank-S. O sonho de Akari é seguir os passos de Aria e também se tornar super famosa que é uma missão quase impossível, mas nem tudo está perdido, pois Aria aceita ajudar essa jovem. Será que Aria vai conseguir ajudar essa novata a se tornar uma butei de primeira linha?

Keita está vivendo o sonho de muitos garotos da escola. Ele tem duas meio-irmãs mais velhas que lutam por ele de várias formas atrevidas: beijos de bom dia e calcinhas à mostra. Os seus pais apoiam os sentimentos das irmãs, pois eles são irmãos de consideração e não têm o mesmo tipo de sangue. Aliás, eles até fizeram uma aposta para ver com qual irmã, o Keita vai ficar. Elas pediram para o seu irmãozinho frequentar o mesmo colégio que elas, onde, com certeza, vão haver problemas …

Kiyotaka Ayanokouji acaba de se matricular no Colégio Tokyo Koudo Ikusei, onde dizem que 100% dos seus alunos entram na faculdade ou arranjam um bom emprego. Infelizmente, ele vai parar na sala 1-D, onde ficam todos os alunos problemáticos da escola. Pior ainda: todo mês, a escola premia os alunos com pontos que valem cem mil ienes, e emprega uma política bem liberal onde é permitido dormir, conversar e até sabotar os colegas. Contudo, há alguém que discorda de todos esses alunos e suas vidas desregradas, e decidiu se isolar e evitar contato com outros: a bela Suzune Horikita.